โครงสร้างเนื้อหาหลักของรายวิชาประวัติศาสตร์ ม.3 ได้รับการออกแบบให้มีความเชื่อมโยงกันอย่างเป็นระบบ โดยแบ่งออกเป็น 3 ส่วนสำคัญ เริ่มต้นจาก การเรียนรู้วิธีการทางประวัติศาสตร์ เพื่อฝึกฝนทักษะการเป็นนักสืบประวัติศาสตร์ ผ่านการสืบค้น การประเมินความน่าเชื่อถือของหลักฐานชั้นต้นและชั้นรอง และการตีความข้อมูลโดยปราศจากอคติ จากนั้นผู้เรียนจะได้เปิดมุมมองสู่ ประวัติศาสตร์สากลและพัฒนาการของโลกยุคใหม่ ศึกษาความเปลี่ยนแปลงทางอารยธรรมและภูมิปัญญาในภูมิภาคต่างๆ เช่น ยุโรป อเมริกา แอฟริกา และออสเตรเลีย ตลอดจนเหตุการณ์สำคัญที่ส่งผลกระทบต่อมวลมนุษยชาติ ทั้งการปฏิวัติอุตสาหกรรม การล่าอาณานิคม และสงครามโลก ซึ่งเป็นรากฐานของภูมิรัฐศาสตร์ในปัจจุบัน และส่วนสุดท้ายคือ ประวัติศาสตร์ชาติไทยสมัยรัตนโกสินทร์ เจาะลึกบริบทการปฏิรูปประเทศให้ทันสมัยในสมัยรัชกาลที่ 5 การเผชิญหน้ากับลัทธิจักรวรรดินิยม การเปลี่ยนแปลงการปกครอง พ.ศ. 2475 และบทบาทของไทยในเวทีโลก ซึ่งทำให้ผู้เรียนเข้าใจความเป็นมาของชาติได้อย่างลึกซึ้ง